Значит надо удалить файл который хранит конфигурацию проблемной папки, а данном случае файлы с раcширением *.msf. Например inbox.msf
Идем C:\Users\%USERNAME%\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\   там будет наш профайл, в нем папка mail, в ней будет название нашей почты, заходим в эту папку, скажем проблема с входящей папкой, ищем название inbox.msf и удаляем. И так со всеми проблемными папками. После запуска это поделие создаст новый файл с настройками по умолчанию.

Кодеры рукожопы.